一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
甲状腺囊肿的治疗方法因情况而异：
1、囊肿较小，无症状者，建议患者观察、随访即可，每年复查超声及甲功观察囊性肿物变化。
2、但出现囊肿大、压迫症状，如气管移位、患者呼吸不畅等症状，可尝试手术治疗。当然，部分医院尝试囊肿穿刺抽吸囊液，这种治疗方式效果不太肯定，且复发率相对较高。
3、如果囊性肿瘤是囊性的，而不是纯囊性的，这将引起一定的重视。此时，应观察囊性肿瘤的实性成分、大小及形态。尤其是有一定恶性超声表现时，需进一步检测，治疗可能需要手术干预。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿不一定需要手术，其治疗方案取决于结节是否多发、结节大小、结节边界是否完整、钙化与否等来定。
甲状腺囊性结节大部分由甲状腺结节或腺瘤退行性改变引起。囊肿内亦有血液微混悬液，与周围边界清晰，质地坚硬，一般无压痛，核素扫描为冷结节，少数患者可由先天性甲状腺舌骨囊肿或第四鳃裂残余引起。结节大于1厘米，单发，结节边界不完整，结节内伴泥沙样钙化，须警惕甲状腺癌，可细针穿刺细胞学检查治疗，必要时外科手术治疗。
甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、囊肿体积在2.5厘米以下或2厘米以下，边界清晰，周围无浸润可观察或中医及内科治疗；
2、出现严重桥本病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎建议给予内分泌治疗；
3、持续性、多发性甲状腺囊肿患者可给予手术治疗，过程中应避免呼吸系统感染防止甲状腺脓肿发生；
4、囊肿体积大，患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状建议及时治疗手术；
5、射频治疗是一种新的治疗方式可以作为方案的替代但不建议。
