肛瘘外口流出少量脓性，血性，粘液性分泌物为主要症状。较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出，由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘿管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热，寒颤，乏力等全身感染症状。
括约肌与肛瘘是连在一起的。括约肌分为肛门内括约肌以及肛门外括约肌，在做肛瘘手术的时候有可能会受到影响，甚至会导致括约肌功能下降，就会导致排便困难，期间可以根据症状来判断到底是严重的还是轻微的，有些症状可通过做提肛运动得到恢复，后期需要改变大便习惯。
肛瘘术后要七天左右就可以出院，七天后就没有什么症状了，可以正常上班工作，不做重体力活就可以，出院后需要隔天去换药。肛瘘术后需要坚持每天肛门坐浴，定期换药。平注意饮食。禁食刺激性食物。
高位肛瘘和低位肛瘘，是肛瘘的重要组成部分，所说的高位肛瘘，主要是指肛瘘管跨越了提肛肌，因此它的手术刀口比较深，比较高，比较大，手术恢复的时间比较长，一般的愈合时间是一个月左右。比较严重的高位复杂性肛瘘，愈合时间是一个半月左右。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。
肛瘘手术住院7天左右，无感染就可以出院了。肛瘘术后一般要在24小时以后方可排便。应多饮水和食用有润肠作用的饮料，这样可以促进排尿和避免大便秘结。坐浴可清洁肛门，促进创面愈合和消炎。
