新生儿疾病筛查一般是不会对查宝宝的大脑进行检查的，通常是选择血液检查的方式。
新生儿疾病筛查通过实验室新生儿血液检查，为了及早发现一些先天性和遗传性的疾病，代谢性疾病的发生，经过及时而有效的处理，避免造成儿童智力体格发育障碍和其他严重的危害的出现。通常靠采足底血，并没有直接对宝宝大脑进行考察。检查大脑可以通过脑部ct的方式。
新生儿疾病筛查是指通过血液检查对某些危害严重的先天性代谢病及内分泌病进行群体过筛，使患儿得以早期诊断，早期治疗，避免因脑、肝、肾等损害导致生长、智力发育障碍甚至死亡。检查项目一般包括苯丙酮尿症、枫糖尿症、组氨酸血症、半乳糖血症等。对阳性可疑病例，则进行复查，若仍为阳性则需要进行反馈。在检查前，建议按摩或热敷婴儿足跟，使其充血。
国家规定的新生儿疾病筛查主要是甲状腺功能减低症，或者是苯丙酸酮尿症；这两种疾病主要会严重影响孩子脑部发育。其他检查项目各个地区医院的规定是有一些不同。如果早期不能发现，孩子的脑部神经功能还有智力发育会受到严重影响，从而导致孩子出现智力低下或者神经发育功能落后。
新生儿筛查至少需要半个月的时间，当然需要看当地医院的检验水平和检验的手段，有的地方需要的时间可能会更长一些，需要一个月。新生儿筛查是在新生儿出生后3天内，通过血液检查对几种危害性严重的先天性代谢及内分泌疾病进行筛查。通过血的生化、激素水平的改变，早期发现这些疾病，并进行早期治疗。
新生儿甲低复查通过率还是比较高的，多次复查，如果一直都是甲减，积极治疗，是可以健康成长的。如果多次复查甲功都提示甲减，则建议积极治疗，终身补充甲状腺激素，是不会影响新生儿智力及身体发育的。
新生儿足跟血筛查主要用来筛查先天性甲状腺功能减退症，苯丙酮尿症，先天性肾上腺皮质增生症，半乳糖血症，蚕豆病等，这些疾病早期很难发现，无症状或者症状无特异性，但是这些疾病所造成的后果非常严重。所以如果能在早期，及早发现这些疾病，提早预防，提早治疗，可以避免造成严重后果。所以筛查非常重要。
