起畸形精子的原因有很多，因此畸形精子症的治疗要消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，应考虑手术治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。
出现畸形精子症的病因是非常的多，有泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，它们均可导致畸形精子增加，典型的是双头精子，影响精子的质量；使用激素或某些化学药物，如抗癌药可使精子发育不成熟；生殖腺受到放射线照射，可引起精子的突变；阴囊局部长期高热、长期酗酒（特别是高浓度的烈性酒），均可使精子发生畸变。
一般情况下，畸形精子怀孕不是畸形。具体情况分析如下：
男性精液中存在畸形精子，正常情况下，正常情况下男性会出现这种情况，正常情况下不超过60%就可以正常怀孕，而且怀孕后胎儿不会出现畸形，因为受孕是精子快速向前活动，与卵子结合的过程。但是胎儿畸形与其他因素有关系，需要定期进行产检，比如怀孕期间服用药物导致胎儿畸形，或者服用放射性物质。
精液中出现大量畸形精子反映睾丸有异常；某些药物可以使精子畸形率上升；精索静脉曲张可以导致畸形精子增加。大部分都可能和自己所处的环境、和有炎症有关系，需要治疗不然会影响生育了。
精子对于男性的生育以及其他性行为很重要，体内精子要有动力，且形状不能发生异常。畸形精子过量会影响生育，比如双头精子。精子质量十分不好，不利于生育；生养正常的宝宝，要求男性精子质量好，即使在生活、环境差的情况，也要保持精子高质量，减少畸形精子的发生。
畸形精子症是正常形态的精子少于50%，畸形精子是指头、体、尾的形态变异，头部畸形有巨大头、无定形、双头等，体部畸形有体部粗大、折裂、不完整等，尾部畸形有卷尾、双尾、缺尾等。
