应该立刻停止服用甲氨蝶呤，先治疗口腔溃疡。针对口腔溃疡，可给予免疫调整或对症性治疗，如止痛、促进愈合等治疗。此外，口腔溃疡与食物刺激有关，一定要避免刺激性饮食，同时避免咀嚼硬物。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
这个主要的原因就是鼻腔的问题，有些孩子是腺样体过于肥大引起的症状。有的是鼻甲肥厚及软腭共鸣出现的。建议先观察，如果孩子没有明显的憋气和呼吸问题出现，有的随着发育会好转的。好转不明显时，可以到耳鼻喉科就诊。
小儿肚子胀气，可能是因为饮食不当或是消化不良引起的，因为小儿的胃肠道发育不完善，可以给孩子口服肠道益生菌，调整一下孩子的肠道功能，如乳酸杆菌，双歧杆菌等。饮食要清淡，多吃富含纤维的蔬菜水果。
肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
