治疗肛门闭锁的费用是1万-3万元。一般治疗的方法有尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形等，是根据类型选择不同的手术方法。所以费用是不同的。
肛门闭锁的原因包括基因的突变、环境的污染，还有遗传因素，有基因因素，有胚胎发育因素，有药物和其他的，本身的是一种综合征的一种表现。先天性肛门闭锁，往往40%到70%左右，合并有其他畸形。包括比较常见的是泌尿道畸形，还包括脊髓、脊柱、脑骨，或者是心脏、食道等，其他各个部位的合并畸形。
腹腔镜微创技术：应用于小儿肛门闭锁手术，可以避免瘘管残留及处理瘘管时留下金属碳夹。或腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术。根据病情选择不同的方法。
如肛膜较厚者，可切开皮肤和直肠，将直肠粘膜下牵，与皮肤缝合。术后扩肛，每周2～3次，直至肛门无狭窄为止。如只有肛膜遮盖者，可行前后纵切口或十字切开，将薄膜剪去，再用食指伸入扩张；如有纤维带者，可将其纤维带切除。
肛门闭锁扩肛后能痊愈，患有肛门闭锁，最好及早的进行手术治疗，否则对孩子的影响也是非常大的，一般采用腹会阴肛门成形术：在会阴部和腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。或是尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形等。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁，可采用低位锁肛或高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。术后要注意孩子的营养，孩子外阴的卫生要保证好的，密切观察。
