感染是引起本病的主要原因。还有某些疾病如白血病、糖尿病、结核病、溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良等，使身体虚弱，抵抗力减低，而诱发肛门周围脓肿。临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿。
手术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的脓肿。直肠内异物损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠周围脓肿的发病原因。
肛周脓肿术后出现肛门坠胀，说明里面的脓没有排干净，也就是说伤口没有完全愈合，因为有脓所以会出现胀痛的感觉。术后也需要养成定时排便的习惯，而且排便之后应该清洗肛门这样避免伤口没有愈合之前造成感染。
中医认为湿热质、痰湿质和阴虚质是肛周脓肿发病的危险因素，体重、饮食偏嗜、睡眠情况均影响肛周脓肿的发病。湿热之体更容易感受湿热之邪，或湿热蕴结脾胃，导致痰湿、湿热内生，湿邪病久化热，胶着于大肠，阻滞脉络，瘀血凝结，热盛肉腐成痈成脓。
全身抵抗力减弱：如糖尿病、年老体弱、过度疲劳、以及结核病人和艾滋病病人的抵抗力下降，容易发生肛周脓肿，直肠癌病人也可发生肛周脓肿。肛门局部刺激和损伤，如饮食辛辣等。饮食应粗细搭配，少饮浓茶，咖啡，酒类及少进辛辣食物，以减少对肛管的刺激。
肛周脓肿是由致病菌大肠杆菌，金黄色葡萄球菌，链球菌和绿脓杆菌，厌氧性细菌和结核杆菌等感染，常是多种病菌混合感染，由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成。