通常情况下，阴茎3厘米长只有通过手术的方式进行治疗。具体内容如下：
一个成年男性的阴茎只有三厘米长，通常是不正常的，可能性先天性发育问题，或者是处于青少年时期，长期有自慰的习惯导致的阴茎短小。三厘米长的阴茎，只能考虑通过手术治疗，建议去正规的医院挂泌尿科就诊，做阴茎延长术。
手术恢复期间，忌酒精、辛辣食品摄入。日常生活中多食用清淡食物，可以多吃水果、新鲜的蔬菜等。保证每日饮水量，保持尿路通畅。
一些阴茎短小原因并不是低雄激素水平，但靶器官对雄激素刺激不敏感。可以应用雄激素治疗，应首先测量激素。如果雄激素水平低，可以加入激素治疗。如果激素分泌正常，阴茎很短，可以通过手术解决。平时注意体育锻炼，也可以通过按摩帮助。
男童的阴茎大小与个人的具体情况、发育迟缓有一定的关系，如果阴茎与中年人的阴茎相差不大，那就是正常的。如果年龄较大，可能是因为体内雄激素水平下降，或者是因为肥胖导致的假性隐形阴茎。
男性的雄性激素会影响到阴茎的生长，男性的雄性激素水平会下降，会引起阴茎的生长缓慢和短小。过度肥胖会导致阴茎根部的脂肪垫增厚，从而导致阴茎短小。
阴茎的大小与其营养也有关系，体格健壮，身材高大的人，阴茎的发育比较好，阴茎会显的粗大。但是阴茎的大小不会与其身高成比例的。环境等因素影响，不同的环境，不同的温度，阴茎的大小是有很大的差异的。
阴茎短小有办法解决，可以在指导下进行检查，确定是不是生殖器发育短小，如果出现阴茎短小影响性生活，可以通过阴茎延长术进行治疗。把隐藏在盆腔里的那一部分阴茎拖出来，从而达到延长的目的。