口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡可以在医生的指导下服用抗炎药物可有效抑制细菌滋生。口腔溃疡是因为人体口腔表面细菌分布过多，导致舌体、口腔内部发生炎症反应引发口腔溃疡，可以多吃一些流食或者半流食，例如面条、面片、蔬菜粥。不过要注意吃的食物温度不能太高，以免烫伤口腔黏膜，加重溃疡的病情。
口腔溃疡治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。平常注意休息，避免进食酸辣刺激食物，以减少复发次数。
儿童口腔溃疡是由细菌感染引起的，需要给予抗感染治疗。在抗感染治疗之前，可以完善血常规、C反应蛋白、血培养等检查指导用药。注意多饮用温水，绿色食品，少食用油腻辣的食品。
口腔溃疡是最常见的口腔黏膜疾病，反复溃疡最有可能是患了复发性阿弗他溃疡，偶尔发生的单个溃疡，可以用口腔溃疡膜贴于患处，也可选用溃疡膏涂于患处。溃疡膜和溃疡膏有较好的消炎、止痛、促进溃疡愈合的作用。对于口腔溃疡反复发作没有间隔的患者，可针对性的选择全身治疗药物，调节机体的免疫功能，去除与口腔溃疡有关的全身致病因素，减少溃疡的复发。
