常见的治疗方法有：局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有控制高热与惊厥治疗法，高热者给予物理降温和退热药。伴惊厥者可采用亚冬眠疗法。
抗菌治疗，在治疗上一定要保持水电解质酸碱的平衡，对脱水者来说，一般应该口服补液严重者需要输液来进行均衡身体。应采用中医治疗，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。
慢性细菌性痢疾的治疗原则是消除感染、提高机体的抗病能力和调整肠道的功能。急性细菌性痢疾是由治疗不及时、疗效不明显、营养不良引起的。其主要症状是腹痛，腹泻，腹胀等。在治疗方面，如果出现志贺菌，需要立即口服双歧杆菌三联活菌散，并配合口服思密达等肠粘膜保护剂，以调整肠道功能。2%的磺胺银可以保留灌肠，也可以口服中药来调理身体，提高免疫力。
慢性细菌性痢疾的症状是腹痛、里急后重、腹泻、大便中混杂有粘液脓血等。
细菌性痢疾是由痢疾杆菌感染引起的，可以选择三代头孢地尼，也可以选择喹诺酮类，但是18岁以内的儿童不能服用喹诺酮类药物，可以服用复方黄连素片或盐酸小檗碱片。如果经常出现腹泻，也要避免出现脱水的情况，可以服用一些补液盐，同时要注意饮食的清洁，并且要在饭前和饭后洗手。
主要表现为消化道症状，如发热、恶心、呕吐、乏力、腹痛、腹泻、里急后重，大便为水样便或糊样便，可混有黏液甚至带脓血，次数频繁可达十余次。严重者表现为全身毒血症状，如高热、呼吸衰微甚至昏迷。细菌性痢疾是志贺菌属即大肠杆菌引起的肠道传染病。
中毒性细菌痢疾主要表现为起病急、畏寒、高热，全身中毒症状严重，迅速发生呼吸循环衰竭，局部肠道症状轻微或缺如。临床表现和粪便检查进行诊断，其中粪便检查时镜检有大量脓（白）细胞、少量红细胞可临床诊断，但确诊需依靠粪便细菌培养痢疾杆菌阳性。
