巧克力囊肿术后的恢复2到3个月都不等，需要身体的机能状态恢复正常，身体的内分泌才能逐步平衡，巧克力囊肿一般不会明显影响到卵巢功能，所以目前主要是形成规律的生活方式，促进内分泌平衡调理就可以。
巧克力囊肿手术后，一般的一个月以后就会来月经的，是按手术的时间推算的。手术一般都是在月经干净后做的手术。术后清淡饮食忌腥辣，避免着凉。不要担心，保持情绪良好，在此期间，顺其自然就可以了。主要的是要注意术后的疗养。
月经过少是指，月经周期正常，每次行经天数短于3天，经血量每次不超过20ml。经血量色淡或深。引起月经过少的原因是垂体功能低下，导致卵巢雌激素分泌不足，使子宫内膜增生不够。
月经多会导致内分泌失调，与受凉，熬夜，过度劳累等都会有关系。不要过于紧张，可以暂时观察着看。月经期间注意保暖，多穿衣物，避免着凉，不要碰冷水，不要吃生冷辛辣刺激性食物，勤换卫生巾，保持私处清洁。
要根据身体的情况来定，另外注意是否影响了内分泌。如果月经持续不来，可以到妇科就诊做一下性激素等检查，根据检查选择治疗。巧克力囊肿摘除术后，要注意适当休息，避免劳累，保证充足睡眠，如果来月经时间仍然肚子痛，可以热敷腹部，可酌情使用止痛。
巧克力囊肿的在来月经的时候会有痛经的情况，而且平时也会有月经不调的症状，同时比较典型的症状还会有性交疼痛，严重了还会不孕不育，一定要及时到正规医院里做详细的检查。
