如果平时不发作，可以观察处理，平时多喝水，避免再次形成结石和长大；如果是多发性或者直径较大的肾脏结石，应该到泌尿外科就诊，接受外科手术治疗，常用的手术方法有经皮肾镜治疗和输尿管镜取石手术。小的肾结石也可以用排石药物促进结石的排出。
一是自行排出，一般小于0.6厘米的结石，都可以通过输尿管尿道排出体外。二是体外碎石术，较大的结石可以应用激光体外碎石。三是微创取石术，较大的结石也可以采用微创取石法。
肾结石需要根据结石的大小密度部位确定不同的治疗方法。如果肾结石是在六毫米以下，可以采取药物来治疗，如果肾结石是在六毫米以上，小于两厘米，也可以选择体外碎石。如果是在两厘米以上，可以选择微创手术进行治疗。
如果肾结石已经治好了，在以后的饮食中就应该要注意少吃一些含草酸量高的食物，比如，菠菜，豆制品，但是并不是说不让吃，尽量少吃，多喝水，多排尿，尽量不要患泌尿系感染，禁食辛辣刺激食物。一般就可以避免结石复发了。
可以使用止痛的药物，但是这种方法是治标不治本的。如果想要去除疼痛感，还是要使用超声波碎石的方法，或者是服用药物来排石，并且要及时的多喝水，多喝多尿有助于小结石的自行排出；降低成石物质的尿饱和度以阻止结石继续生长；减少尿路感染的机会。
