女性衣原体感染的治疗主要有药物治疗、手术治疗等。
1.药物治疗：四环素，多西环素，红霉素，阿奇霉素，克拉霉素等一线治疗药物是肺炎衣原体感染的首选药物。四环素类、大环内酯类药物治疗沙眼衣原体感染。
2.手术治疗：沙眼后遗症和并发症的治疗，滤泡多的挤压术，睑内翻和倒睫者手术矫正。手术治疗合并尿道狭窄、女性不孕等。
患者应根据医生的判断，避免自行用药，选择适合自己病情的治疗方法，以免延误病情，防止病情恶化。遵照医生的指示进行治疗和用药。
肺炎衣原体阳性通常需要使用药物进行治疗。
肺炎衣原体阳性者提示机体内存在肺炎衣原体感染所致疾病，会导致气管炎、咽炎、扁桃体炎等疾病。肺炎的病情会使人体浑身发热、酸疼、声音沙哑等，咳嗽及其他症状。衣原体感染者可使用大环内酯类的药物，如红霉素肠溶片、罗红霉素分散片等进行抗感染治疗。
衣原体阳性可以通过药物治疗、生活护理等方式来改善。
如果衣服原菌呈阳性，可以考虑进行药物的抗菌药物。常见的是阿奇霉素、罗红霉素和红霉素等大环内酯；眼睛有衣原体的炎症，可以选择用红霉素眼油。如果是比较严重的，可以通过静脉输液来进行。还可以口服多西环素、克拉霉素等药物。
男性解脲支原体阳性一般可以进行药物治疗，具体分析如下：
男性解脲支原体阳性必须口服阿奇霉素和阿奇霉素等大环内酯抗菌素。此外，确定支原体检查必须性伙伴或另一半，是不是也是有感染，假如感染也必须一起治疗，治疗过程中切勿饮酒或抽烟、吃油腻辛辣刺激性的食材，多饮水，治疗过程中不必行房。药物治疗一段时间后需要复诊解脲支原体，转阴后需再次口服药物1周。
可以在医生指导下通过药物敏感性选择敏感的抗生素治疗，解脲脲原体是引起男性，女性生殖道，泌尿道感染最常见的致病微生物，也是引起非淋菌性尿道炎的致病微生物。这种致病微生物主要是通过性接触传播。
解脲支原体感染通常可以通过用药、护理等方式治疗。
如果是解脲支原体感染，可以遵医嘱使用强力霉素、美满霉素、阿奇霉素等药物，通常建议在进行药敏试验后再确定药物类型。治疗过程中要注意休息，不要喝浓茶、喝咖啡，不要吃辛辣的东西。
患者要定期复查，治疗期间禁止同房，要对被污染的衣服要进行清洗和消毒。
