主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象，天长日久，出血量会增多，并且会形成陈旧性的出血，陈旧性的出血肉眼所见类似于巧克力的样子，所以称为巧克力囊肿。
因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题，因此这些废旧垃圾就容易堆积在宫腔内而不能经由阴道排出，长期这样就有可能触发巧克力囊肿。
通常来说大多数女性前两天的月经量都是比较少的，此时的血液有可能会瘀堵在宫内，可能会出现氧化的情况，因此流出阴道的血液颜色就是巧克力色的。如果颜色更加明显，也可能是因为受寒造成的。如果患者只是偶尔出现巧克力色，适当腹部热敷应该就可以改善，患者平时在月经前可以适当的喝红糖姜茶，一般可以更好的帮助月经排出来。
巧克力囊肿是导致女性不孕症发生的常见原因，也是子宫内膜异位症的常见的表现形式。由于内膜开始在女性的卵巢进行生长，但是在生理期的时候这一部分的内膜并不会随着离开自己的，而是在卵巢的位置淤积，随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。
引起原因：内分泌失调所致：卵巢是产生卵子并且排卵、内分泌激素、平衡内分泌的一个重要生殖器官，而左附件巧克力囊肿的问题高发于内分泌旺盛的生育年龄。生理因素影响：巧克力囊肿是因为月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片而导致引流不畅，从而不能使碎片经由阴道排出，而影响其从阴道流出的，有阴道闭锁、子宫颈口狭小、子宫颈口年龄等，都是导致巧克力囊肿发生的原因。
