是由于肝内胆管胚胎发育障碍所致，也有一部分是脏器退行性病变所导致的。如果囊肿小于5cm，位于肝脏深部，没有明显的症状，没有出血等问题可以不治疗，定期超声观察就行。如果囊肿大于5cm，位于肝脏表面，有胀痛感等症状，可以考虑超声引导下介入穿刺，抽液。
控制肝囊肿不能吃高脂肪油腻的食物。出现肝囊肿是良性肿瘤，需要定期的进行B超的检查，确定肝囊肿的大小，如果没有影响到肝功能，不需要做任何治疗，也需要进行药物的选择，很大的肝囊肿需要手术切除。
脂肪肝，肝囊肿是两个病，肝囊肿是先天性肝内囊性病变，多数人不用治疗，不用特别注意，偶尔复查就好脂肪肝要注意多锻炼身体，不要吃过于油腻的食物不要饮酒，以吃一些降血脂的药物。
一般比较早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿生长部位不影响患者生活，也可以不做处理。
如果没有很大，没有占位效应，完全可以不用处理的，如果说已经非常大了，而且有明显的占位效应，影响到邻近的器官和肝功能，那就需要进行适当的药物治疗，通过穿刺的方法将积液抽出来就可以了。
一般情况下，单纯性肝囊肿，如果体积小，可以保持观察，如果体积大，需及时进行手术治疗。具体内容如下：
如果是单纯性小囊肿，那么是不需要治疗的，每年定期复查肝脏超声就可以。如果肝囊肿比较大，直径大于5cm的肝囊肿患者可以采用超声引导下行肝囊肿穿刺引流术，这是一种微创的手术，但也有一定的复发性。另外，腹腔镜下的囊肿开窗去顶手术也是一种微创的手术，不过复发的可能性很小，只不过费用比较高。
