肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
肛瘘，通常是由于直肠肛管周围脓肿所致，出现肛瘘以后，可以明显的影响到正常生活与工作，由于肛瘘不能自行愈合，非手术治疗只能缓解症状，肛瘘主要是手术的，其它的还有挂线等疗法，具体的治疗方案听从本地医生的。平时保持大便通畅。局部的清爽干燥。
预防肛瘘的办法有很多，比如第一，肛门灼热不适，肛门下坠者要及时的查清原因，及时的治疗。第二，及时的治疗肛窦炎、肛乳头炎，以免发生肛管直肠周围的脓肿及其肛瘘。第三，要养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴，保持肛门的清洁，对预防感染有积极的作用。
肛瘘初期的症状特征有流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肿块可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。瘙痒脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
肛瘘是肛周脓肿治疗后留下的后遗症，一般直肠指检就能确定诊断，不需要其他检查，费用每家医院的收费不一样，大约在2百-5百元左右，注意肛周卫生，按时清洗，如果确定是肛瘘，尽快手术治疗，以免引起局部反复感染。
肛瘘分为高位肛瘘和低位肛瘘，大概两周到三周就能长上，低位肛瘘创口是比较浅的，大概三周左右，就能够完全好，而且饮食上也不需要禁食，不过具体的恢复时间也是因人而异的，手术后积极做好肛门护理，可以温水坐浴或者直接热敷，并多吃可以通便的食物，防止因大便不通畅影响到肛门恢复。
