囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，松果体区囊肿绝大多数为先天性的，是非肿瘤性的良性病变，与肿瘤有着本质的区别。2cm以下绝大多数无症状，无需手术，生长增大的机率很低。症状严重者考虑手术切除，效果好。
松果体囊肿如果没有任何不舒服，可以不用处理。如果出现头疼、恶心、呕吐、视物模糊等颅高压症状、眼睛上视不能、听力减退、步态不稳、协调能力差、尿崩症等症状，可以中药治疗，如果中药治疗效果不好，可以手术治疗，可以采取脑立体定向与激光纤维颅内松果体囊肿切除手术，也可以通过专家评估，看是否可以伽玛刀进行手术。
松果体细胞瘤大多数通过显微手术都能达到全切，所以预后相对原来已经有很大的提高。因为松果体细胞瘤虽然属于良性肿瘤，但是对放疗并不敏感，来源于松果体区的生殖细胞瘤或者松果体母细胞瘤，对放疗是非常敏感的。
可以通过手术进行治疗。人体脑部松果体能分泌松果体素，是一种能导致睡眠的内分泌物质，如果松果体分泌减少，就会导致失眠。松果体囊肿危险性决定其良、恶性质程度。
松果体囊肿要根据囊肿大小来选择治疗方案。小的囊肿可以暂时观察，对于身体健康影响不大，但是平时要注意密切观察病情，要进行定期的复查，只要不出现持续的增长，也没有引起脑积水的话，就不用管它。而如果囊肿持续增大，或者现在已经比较大了，导致出现梗阻引起脑积水，就要进行手术处理，这个可以通过脑室镜进行微创手术处理。
