细菌性扁桃体炎首选治疗方案就是抗炎治疗，如果是急性化脓性扁桃体炎，此时可以做雾化吸入治疗，如果伴随有扁桃体周围脓肿的情况，此时需要做扁桃体周围脓肿切开引流术，可少量的加用激素类药物，促进炎症的吸收。
扁桃体发炎大多是细菌感染引起的，最常见的细菌是乙型溶血性链球菌，治疗方案就是抗炎治疗，也可以雾化吸入治疗。如果伴随有扁桃体周围脓肿的情况，此时需要做扁桃体周围脓肿切开引流术，可少量的加用激素类药物，促进炎症的吸收。
扁桃体发炎大多是细菌感染引起的，最常见的细菌是乙型溶血性链球菌，临床上治疗乙型溶血性链球菌感染最好的药物是青霉素类抗生素。可以静脉点滴青霉素钠，结合口服蒲地蓝消炎口服液、清开灵颗粒等清热解毒作用的中成药，还可以使用布地奈德混悬剂做超声雾化吸入，具有抗炎、消肿的作用。要注意口腔卫生，使用复方氯己定漱口液漱口。
细菌性扁桃体炎可以用杀菌药，可以用抗生素类的药物治疗，例如头孢类的抗生素。结合中药治疗，例如薄荷叶，金银花，金莲花。可以适当的用这些中药泡水喝的，还可以用胖大海泡水喝的。扁桃体发炎的患者要多休息多喝水，不能吃辣椒，不能喝白酒了。因为这些因素容易加重扁桃体发炎的。
儿童急性细菌性扁桃体炎的治疗是以药物治疗为主，小儿急性扁桃体炎是指腭扁桃体的急性非特异性炎症，常继发于上呼吸道感染，并且伴有不同程度的咽部黏膜和淋巴组织的急性炎症。
抗生素现在首选青霉素类，也可用头孢类抗生素。要求使用疗程要达到7-10天，才能有效控制感染，并且能够有效预防下次再复发。如果扁桃体炎变成慢性扁桃体炎，吃抗生素效果较差，可以采用中医治疗办法。
