新生儿发烧39度严重，这种情况可能会引起新生儿明显的脱水，处理时首先需要给新生儿退热，另外需要明确发烧的原因，最常见的就是感染的可能，这种情况下查血的炎性指标会升高，需要抗感染治疗。另外排除感染因素外，常见的原因就是捂热综合症，这个和新生儿喂养的量不足有很大的关系，需要及时给新生儿补充液体或者及时合理喂养。
新生儿发烧39度，如果不积极治疗，是会引起脑炎的。如果高烧不退，可能会有微生物侵入到人体内。尤其是侵入到了脑膜实质，如果不及时处理，会造成脑膜炎等并发症。因此，如果高烧不退，应该尽快去医院进行输液治疗，以免造成不良后果。可以进行物理降热法进行降热，这样可以有效的缓解病情的发生。
新生儿发热39度，需要检查是否有新生儿肺炎，检查病因，发热可以通过口服药物或物理降温，必须及时补充水分，新生儿由于免疫力下降，需要注意是否有新生儿肺部感染，如果有感染必须控制，发热可以使用退热药。
新生儿发烧可以通过物理降温、使用药物等方法进行处理。
新生儿的正常体温范围是36.0-37.4摄氏度之间，如果体温超过37.4摄氏度，一般意味着新生儿发烧，通常建议使用物理降温的方法进行处理，即用温水帕子擦洗新生儿的身体，或者适当使用毛巾冷敷新生儿的额头；但如果新生儿持续发烧，需要到医院就诊，然后按医嘱使用药物进行治疗，比如头孢类、青霉素类等。
一般情况下，新生儿发烧可以采用以下方式进行治疗：
新生儿发烧，需要确定是否为炎性发热所致。可以在新生儿额头、耳根、脖颈、手心、脚心等处使用热水擦拭，避免使用酒精擦洗，有助于身体热量的散发，从而起到物理降温的作用。及时补充水分，有助于促进体内的血液流通，促进排泄。必要时可以遵医嘱使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂等药物进行治疗。
通常情况下，新生儿发烧38度是否严重取决于具体分情况。
如果新生儿发热38℃，是由于急性上呼吸道感染引起的，精神状态比较好，仅有鼻塞、流涕等症状，一般不严重；
如果孩子发热38℃，体温不是特别高，但是精神状态比较差，吃奶也不好，玩耍也不好，这种情况常是由于重症感染，比如脓毒血症、化脓性脑膜炎等严重疾病引起的，一般比较严重，建议家长带孩子去医院检查，明确病因，然后对症进行治疗。