甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
首先，甲状腺小囊肿不会自愈的，如果没有什么症状的，或是其囊肿比较小，可以不用治疗，可以先观察一下，若有什么病变，是可以通过一些药物来进行对病情，进行一些改善的。
较大的囊肿有可能出现压迫的症状，比如说压迫气管，可以出现呼吸困难，如果压迫食管可以造成吞咽困难，如果压迫到喉返神经，可以造成声音嘶哑，压迫喉上神经，可以引起饮水呛咳，部分甲状腺胶质囊肿如果出现了癌变，还会侵犯颈丛，引起剧烈的疼痛，并出现淋巴结的转移。
甲状腺滤泡囊肿临床上非常常见，大多数不严重，患者出现的甲状腺滤泡囊肿大多无症状，多在体检时发现。
这与人们生活水平的提高和彩超技术的进步有关。彩色多普勒下发现甲状腺滤泡囊肿，应进一步研究甲状腺功能。如果甲状腺功能中促甲状腺素及甲状腺激素均正常，甲状腺滤泡囊肿较小，这种情况无需处理，动态观察即可。通常6个月后再次复查甲状腺颜色。甲状腺功能异常，包括甲状腺激素降低和甲状腺激素升高，或患者甲状腺滤泡囊肿大于3厘米，可能伴有呼吸困难、吞咽困难或声嘶等症状，应尽早给予手术治疗，术后监测甲状腺功能及甲状腺彩超。
