引起排卵障碍的原因有中枢神经系统性无排卵、下丘脑性无排卵、垂体性无排卵、卵巢性无排卵、多囊卵巢综合征、卵泡黄素化不破裂综合征。其他方面原因，如甲状腺、肾上腺皮质功能失调、如重度营养不良等，也可能影响卵巢功能而导致排卵障碍。
内分泌失调，引起的月经不规律，不是拖延，就是提前，是诱发排卵障碍的大原因，还有个别的病人，因为多毛、肥胖症，和体内激素分泌失调，比如甲状腺之类的疾病，也会导致排卵障碍。
引起排卵障碍的原因如中枢神经系统性无排卵，下丘脑性无排卵，垂体性无排卵，卵巢性无排卵，多囊卵巢综合征，卵泡黄素化不破裂综合征，性腺以外的其它内分泌系统如甲状腺、肾上腺皮质功能失调和一些全身性疾病等，都是会影响卵巢功能的调节而导致排卵障碍。
卵泡发育及排卵主要是由下丘脑，垂体，卵巢性腺轴调控的，引起排卵障碍常见的有以下几种原因，比如下丘脑性不排卵、垂体性不排卵、卵巢性不排卵、甲状腺、肾上腺皮质功能异常、多囊卵巢综合症、卵泡黄素化不破裂综合征等都会引起排卵障碍。
一般造成女性排卵障碍的原因有以下原因，中枢性疾病：丘脑下部、垂体、卵巢轴功能紊乱，引起女性月经失调，不排卵，闭经等症状，垂体的肿瘤会引起卵巢功能失调从而导致不孕。全身性的疾病：严重缺乏营养，过度肥胖或者饮食中长期缺乏某些必需维生素，会影响卵巢功能。
排卵障碍性不孕的原因有：全身性疾病、病人重度营养不良、甲状腺功能亢进等，都会影响卵巢功能导致不排卵。卵巢病变，如先天性卵巢发育不全症。一些女性卵巢不排卵，是由下丘脑功能障碍造成的。下丘脑的输入信号不正常，导致促性腺激素释放激素减少。包括紧张、精神性厌食、单纯体重下降性闭经及运动量过大导致闭经等。
