急性直肠炎的治疗，可根据病情口服、肌注或静滴抗生素，可予杨酸偶氮磺胺类药物，酌情给予止泻剂，解痉剂，给高营养、低脂、少渣易消化饮食，不吃辛辣刺激性食物及生冷油腻食物。
中药理气舒肠方治疗：应以健脾补肾、益气除湿为治本之法，清热解毒，活血化瘀为治标之用，辨证施治，最忌长期应用大苦大寒之剂，亦可配合中药针如麦注射液等，静滴以扶正。
直肠炎要去做一个肠镜，看一下肠道内壁情况，明确下具体的病因，对症下药。单纯的肠炎，要控制饮食，避免辛辣刺激冷硬食物，规律进餐，然后消炎治疗平时注意腹部保暖，避免受凉。要饮食有规律，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡，避免因无节制饮食而致肠道功能紊乱。
直肠炎反复患者可以口服氧氟沙星、甲硝唑、奥硝唑等药物治疗。
直肠炎患者除了要积极配合医生治疗以外，平时要养成良好的饮食习惯，注意饮食卫生，戒烟戒酒，避免浓茶浓咖啡，不能吃辛辣刺激性食物，注意腹部保暖。治疗期间患者要注意多休息，同时坚持清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物，比如火锅、冰可乐等，有利于身体恢复。
治疗严重的直肠炎可以采用口服药物的同时配合中药灌肠的方法一块治疗，隔一日交替保留灌肠，每日2次，有很好的疗效。中医认为直肠炎是脾虚脾土不固的原因所造成的，所以也可以吃些补脾益肠类药物进行治疗。
