胚胎停止发育的原因是比较多的，比如孕妇自身的因素、子宫发育畸形或者是免疫力低下、某些传染性疾病等。在怀孕期间用过药、或者是接触放射线，有可能是内分泌出现了异常情况。多数情况和染色体发育异常，有一定的关系。
胚胎停育是指在孕十二周前胚胎在某些因素的影响下导致发育停止。大部分的胚胎停育是染色体问题导致的，男性精子活力差、畸形精子率高也可导致胚胎停育，子宫畸形也会引起胚胎发育不良。
早期的胚胎停止发育，多数是胚胎本身的问题，属于自然淘汰的过程。如果只发生1次胚胎停止发育，一般不作过多处理。对于2次或者2次以上的胚胎停止发育，需要寻找原因，比如夫妻双方染色体异常，导致胎儿染色体异常，母体封闭抗体缺失——母体中胎儿保护性抗体缺失，母体抗心磷脂抗体(+)，导致微小血栓形成后胚胎供血异常等。
胎儿染色体原因，母体免疫因素或者是受到外界的刺激，或者子宫因素都会导致这种现象出现的。所以才出现这种情况以后建议还需要去医院做一些相应的检查，让医生确诊到底是哪种原因导致，才能选择合适的治疗方式。
遗传因素为最主要的因素，父母年龄，以及妇科因素，遗传因素与胚胎染色体异常有关，父母的年龄较大为胎儿停育的主要危险因素之一，妇科因素，孕妇子宫畸形、盆腔感染、患免疫相关疾病，也是主要的危险因素之一。
胚胎停育的原因主要有四个方面：第一是生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平。第二个是生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育；第三是子宫的问题，子宫里的内环境和子宫整体的环境都有可能对胚胎有影响。；第四就是染色体的问题。
