如果甲状腺良性囊肿是小鸡蛋大小，通常要手术。手术后要坚持吃药，甲状腺囊肿有良恶性之分，良性甲状腺囊肿都采用保守中医治疗，中医治疗也比较认同，只要及时去医院治疗，甲状腺囊肿是可以恢复的。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。
脑囊肿可分为蛛网膜囊肿和室管膜囊肿，前者占绝大多数，后者少见。蛛网膜囊肿是脑脊液样的囊液被包围在蛛网膜所形成的袋状结构而成，最常见于中颅底、桥小脑角、鞍上和颅后窝等。可致颅内高压，引起脑水肿、脑疝，危及生命。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
卵巢囊肿手术治疗的方法，由自身综合情况来选择的。如果，年龄比较大，没有生育要求了，可以选择同时切除卵巢，这是指卵巢上是良性的肿瘤，如果卵巢上的肿瘤是恶性的，那就是必须要切除卵巢了。
