乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
灭活疫苗与减毒疫苗有区别，灭活疫苗中的成分是死的，所以也可以通常上称作死疫苗。在注射入人体之后，疫苗之中的病原微生物的成分，并不会进行任何程度上的增殖。而减毒疫苗，之中的成分是活的，所以也可以通常的称为活疫苗。减毒疫苗注射入人体之后，可以进行一定程度上的增殖，这些病原微生物进行增殖之后，可以造成身体的免疫反应，比较有可能让身体产生抗体。
接种此疫苗后可能出现的不良反应有，发热，接种部位疼痛、硬结，厌食，恶心、呕吐，皮肤瘙痒等，在3天左右可以自然缓解。还有少部分接种者可以出现较为严重的不良反应，比如过敏性休克，应该尽快给予脱敏及抗休克治疗。
打预防针之后的当天晚上或者1-2天后会有些低热现象，有时甚至演变成为发烧、感冒。这是疫苗在体内与机体的免疫系统发生作用，产生的不良反应。发热体温在38.5℃以下，持续1-2天，身体的抗病能力会下降，要多喂水、注意多休息。
打了甲肝疫苗也可能会感染甲肝。
甲肝为甲肝病毒感染所致的一种急性传染病，甲肝的传播以消化道为主，就是病从口入的典型表现，甲肝主要表现为疲乏、无力、恶心、呕吐、腹胀、眼发黄、小便黄赤。甲肝疫苗可减少被传染的风险，但是不能杜绝感染，甲肝疫苗属二类疫苗需自费，对于甲型肝炎病毒易感染的1岁以上及成人，应给予接种，抗甲肝病毒，一般可以持续10年。如果没有发生严重的并发症，就不要再去打甲肝疫苗。对密切接触甲型肝炎病毒，可通过注射人丙种球蛋白来防治，越早越好，通常不会超过2周。接种甲肝疫苗时，通常不发生感染，甲肝疫苗属减毒，灭活疫苗，不引起甲肝传染。
