通常情况下，慢性萎缩性胃窦炎药物治疗好。
胃炎有两种类型，一种是慢性萎缩性胃炎，一种是慢性非萎缩性胃炎。慢性萎缩性胃炎是由于粘膜萎缩导致的肠上皮化生，进而发展到癌前病变，甚至是胃癌。其实，这是一个很长的过程，并不是每一种萎缩性胃炎都能发展成为胃癌。胃镜检查显示为萎缩性胃炎，最好是先做幽门螺杆菌的检查。幽门螺旋杆菌检查结果呈阳性，应在治疗胃炎的基础上进行抗幽门螺杆菌的治疗，并且至少要1-2年进行一次胃镜检查。
慢性萎缩性胃窦炎严重，具体分析如下：
慢性萎缩性胃炎的临床症状以上腹部饱胀感、反酸、嗳气、无规律的疼痛为主。慢性萎缩性胃炎是一种癌前病变，有可能发生异常增生，并发展为早期胃癌。慢性萎缩性胃炎与幽门螺杆菌感染、多吃腌制类的食品及其它理化因素有关，因此，慢性萎缩性胃炎要注意饮食方面的调理，同时还要进行抗幽门螺杆菌的治疗，定期做胃镜检查。
一般情况下，慢性非萎缩性胃窦炎伴糜烂经过积极治疗后一般不严重，具体内容如下：
慢性非萎缩性胃窦炎的糜烂程度、范围、是否有出血等因素决定。糜烂范围小，程度轻，说明症状轻，范围大，糜烂深，可以使用抑制酸和保护胃粘膜的药物进行处理，慢性非萎缩胃炎一般情况下，预后较好，不能及时处理，否则会发展为萎缩性胃炎。这些患者需要注意肠道上皮化生、萎缩和不典型的上皮化生，并发展为胃癌。
通常情况下，慢性萎缩性胃窦炎伴肠化一般是比较严重的。具体分析如下：慢性萎缩性胃窦炎合并肠上皮化生是因为慢性胃炎，平时生活习惯不合理，喜食辛辣、油腻、生热、刺激性的食品，如浓茶，咖啡，汽水，酒精等。可以服用一些奥美拉唑、铝碳酸镁片、莫沙比利、柠檬酸铋钾、氧氟沙星等食物来改善。肠上皮化生是癌前病变，需要定期进行检查。
硒酵母片主要的作用是补充微量元素硒。硒有很强的抗氧化作用，在人体内能防止过氧化物对心肌细胞的损害，促进损伤心肌修复、再生，所以对心血管疾病有重要的防治作用。此外硒还能保护眼睛及抗肿瘤的作用，因此，硒酵母片可以用于硒缺乏的肿瘤、肝病、心脑血管病病人。硒类药品具有调节免疫力，提高体内抵抗力的功效。甲亢属于自身免疫性疾病，所以用硒酵母治疗甲亢，是作为辅助。
慢性非萎缩性胃窦炎是一种由多种病因造成的胃黏膜的慢性炎症。具体分析如下：
慢性非萎缩性胃窦炎也称慢性浅表性胃炎，与慢性萎缩性胃炎不同，此病症较轻，不会出现胃黏膜萎缩的情况。患者一般没有临床症状，需要通过胃镜进行检查，从而诊断出病因，主要病因可能是感染幽门螺旋杆菌，部分病人可能会出现烧心、呕吐等症状。如果确诊为感染幽门螺旋杆菌，则需要患者前往医院进行根治。