巧克力囊肿的治疗有保守治疗和治疗性治疗，保守治疗也就是药物治疗，治疗方法不是理想的治疗方法，服药以后囊肿会变小，但是停药后就很容易出现复发。对于小的巧克力囊肿或者有生育要求的病患可以先采取药物治疗，待生过孩子后再观察是否需要进行治疗性手术。
卵巢巧克力囊肿因多种因素而发生自发或在外力影响下的破裂，破裂可反复发生。破裂后陈旧性血液溢入腹腔，引起剧烈腹痛，恶心呕吐等，常须急诊处理。囊肿破裂多发生于经前期及月经期。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病理表现，异位的内膜与子宫内膜一样，随卵巢激素的变化而发生同期性出血和其周围组织纤维化，但因其血液不能像经血一样经阴道排出，而是积聚在局部并形成潴留囊肿。
巧克力囊肿的治疗办法就是怀孕，能够引起异位的内膜脱落，让囊肿消失。其次就是药物治疗，小于5厘米的时候可以考虑药物，西药是避孕药一类的，中药是活血化瘀一类的。最后考虑手术治疗，手术治疗很多还是会复发的。
巧克力囊肿是可以通过妇科检查的方式来判断巧克力囊肿的主要发病部位，对于子宫内膜异位症的病人来讲，是很容易产生触痛感的，巧克力囊肿的直径会小于十厘米左右。可以通过腹腔镜检查。
按摩。按摩足三里穴。用一只手的掌心按准膝盖的顶部，中指下伸的顶端，向外一横指即是三里穴。可以用针灸，也可以用拇指反复按压。按摩指压点。足部含有一些指压点，被认为与骨盆部位的气路相连。在脚踝双边的凹陷处，皆有指压点。
卵巢巧克力囊肿是对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失，而对于较大的则以手术治疗为先，做输卵管和卵巢功能以及B超的检查，明确不孕病因后治疗。手术后至少半年再怀孕。
