婴儿肛周脓肿术后流脓恢复需要4到6周，部位的手术恢复相对来说比正常部位慢，每天换药一次，不吃辛辣刺激性食物，促进恢复，肛周脓肿的治疗周期较长，建议休息一个月左右，手术后必须积极治疗伤口，换药要注意。视脓肿腔情况而定，应定期进行坐浴治疗，换药和油纱布应持续到脓肿腔变浅基本消失。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
可以使用一些药物进行治疗。肛周脓肿是发生于肛门、肛管和直肠周围的急性化脓感染性病，属于细菌感染，要给予抗炎治疗，脓肿成熟后可切开引流，给予营养丰富的食物，可多吃高蛋白，及富含维生素的食物，避免吃辛辣刺激性食物。
采用微化中药渗透的中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌。可以进行b超或者ct引导下穿刺引流，如果引流不畅或者脓液较稠以及有多个分隔，必要时可以进行腹腔镜下肾脓肿切开引流，达到彻底清创的目的。
