黑褐色分泌物的发生原因有可能是体内激素水平不稳定所致，比如排卵期出血，怀孕以后因为黄体功能不全引起的出血，或者甲状腺功能低下引起的出血。也有可能是阴道炎、宫颈糜烂、子宫内膜炎、宫颈癌、子宫内膜癌、卵巢肿瘤等疾病引起。
如果是怀孕以后孕酮值低，就会引起阴道流褐色分泌物，属于先兆流产征象，必须用黄体酮保胎。服药以后还有褐色分泌物，应该是本身孕酮值低的原因，与用药关系不大。如果没有怀孕，是服用黄体酮来月经，那阴道流褐色分泌物，应该是快要来月经的征兆，而经血流通不畅的原因，可以再继续等。
一般情况下，怀孕初期有黑褐色分泌物可以通过药物治疗、手术治疗等方式改善，具体内容如下：
怀孕初期有黑褐色分泌物，如果量少，点滴干净，没有任何不舒服的症状，应注意营养，不要过度劳累，要保持心情舒畅，不要紧张，要定期检查，不能随叫随到。如果出现大量的黑褐色分泌物，或者出现腰酸、腹痛等症状，需要及时就医，根据孕妇的症状、辅助检查等情况进行针对性的治疗。如果是先兆流产引起的，一定要找出原因，采取针对性的保胎措施；如果是因为宫外孕引起的，建议尽快进行手术，避免对胎儿的身体造成伤害。
月经黑褐色黏稠分泌物可能是正常的，也可能是黄体功能不全或者黄体萎缩不全造成的。如果出现在月经前两三天以及月经快干净的两三天，这种情况是正常的。这是因为子宫内膜脱落之后滞留在宫腔，淤积之后流出造成的。如果这种情况反复发作，可能是黄体功能不全或者黄体萎缩不全造成的，建议去医院妇科B超检查，排除器质性的病变，平时注意会阴清洁卫生，经期注意保暖。
阴道褐色分泌物的原因很多，如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、妇科良恶性肿瘤等。此时，需及时妇科门诊就诊，看有无其他伴随症状，可行妇科专科查体、阴道分泌物、宫颈脱落细胞学检查以及阴道超声检查以明确原因。
如果患者月经之后出现黑褐色的阴道分泌物，通常情况下，可能是少量的阴道流血，遇到阴道的酸性环境而出现的黑褐色分泌物。但是如果患者月经超过了一周，出现了颜色的改变，考虑是月经没有完全干净，或者是有黄体萎缩不全等因素导致月经期延长。患者可以先服用益母草颗粒和保宫止血颗粒进行观察。如果效果不好的话，患者还可以在医生的指导下应用黄体酮进行治疗的。
