非淋菌性尿道炎可引起一系列并发症。可造成性功能障碍，如性欲减退、阳痿、早泄等，男子不育，植物神经功能紊乱，如烦躁易怒、精神萎靡、失眠多梦乏力等。非淋菌性尿道炎合并附睾炎者，会导致梗阻性无精子症，造成男性不育。另外，非淋菌性尿道炎还会导致睾丸炎、输精管炎等疾病。
非淋菌性尿道炎会出现尿道外口有浆液性、透明液体流出，伴有尿频、尿急、尿痛。如果合并有前列腺炎，也可以出现前列腺炎的症状，尿不净、尿等待、睾丸疼痛、会阴部疼痛等表现。
非淋球菌性尿道炎病情轻重不同，症状也不同，轻度，晨起可见尿道口分泌物，中度，可见尿道口红、肿，重度，出现尿路刺激征，尿频(小便次数增多)、尿急(不能自控排尿)、尿疼(尿道和尿道口疼痛、膀胱区疼痛)等。
非淋菌性尿道炎在早期会出现在长时间没有排尿或者是清晨首次排尿的时候尿道口会出现少量的粘液性分泌物，还伴有尿道刺痒，尿急，尿痛，排尿困难等症状。如果有出现以上症状，尽快到医院进行检查治疗。
非淋菌性尿道炎既危害到男性又影响到女性，通常患病后会对男性的附睾带来负面影响，进而引发附睾炎，从而对生育带来影响；而对女性的危害则没有男性表现的那么直观，但是会因为病症的一再发展对宫颈、盆腔带来影响。进而引发黏液脓性宫颈炎、急性盆腔炎等病症发生，最终导致女性发生不孕。还常常会引发尿急、尿痛等情况发生。
非淋菌性尿道炎是可以治愈。
非淋菌性尿道炎为淋球菌以外其他病原体感染导致的尿道炎，一般是通过性传播传染的。主要治疗方法有一般治疗或者药物治疗。在治疗期间，应该尽量避免性接触，多喝水，保证充足的尿量。或者是进行药物治疗，因为个体存在一定的差异，建议在医生的指导下使用合适的药物。常用药物有四环素、多西环素等四环素类抗生素进行抗菌治疗。
