排便时肛门疼痛，而且定位十分明确。常常是肛门后位多见，还会伴有肛门异物感、不适和肛管下坠感及肛门脓性分泌物。肛窦炎进一步发展的结果，主要表现为肛周疼痛逐渐加重，酿脓时呈鸡啄样痛，伴恶寒发热等症，血常规检查白细胞计数明显增多，中性粒细胞亦升高。
由于肛窦的解剖及生理特点，其窦口向上，积存的粪便残渣及脓汁不能完全排出，肛门部下坠感有便意，但去厕所却解不出或者解很少大便。肛门处不适感和隐痛，排便时加重。可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁。
肛窦炎主要症状表现在常有肛内轻微隐痛坠胀或不适感或肛腺分泌减少，肛管干涩、排便不畅等。急性发作期常有排便疼痛、分泌物多、手纸偶然带脓血、烧灼不适肛门坠胀等。如果肛门括约肌受炎性刺激可引起括约肌轻度或中度痉挛性收缩，常有短时间阵发性钝痛或疼痛持续数小时。
肛窦炎早期症状有：肛门处有不适感，还有隐痛感，排便后加重，大便会带有血性粘液，肛乳头肥大时还可脱出肛门，此外，还会伴有肛门异物感、肛门下垂感和肛门脓性分泌物。一旦发现有这些症状，需要及时去医院进行相关治疗，以防病情恶化。
肛窦炎的症状主要是大便是出现肛门疼痛或者肛门异物感、不适和肛管下坠感，还有部分病人肛门内间歇性疼痛出现灼热感、排便时肛门也常有少量粘液和鲜血排出，或者排出一些脓性的分泌物。
肛窦炎会引起大便次数增多、里急后重等症状。在肛管直肠炎、肛窦炎与肛乳头炎初期，病人往往有排便不尽感、肛内异物感及下坠感。肛管直肠炎、肛窦炎可引起的肛门部瘙痒。主要原因是由于炎症性渗出物对肛门刺激所引起，肛门常较正常人潮湿。
