小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
感染性原因：需考虑是否是秋季腹泻、轮状病毒或新病毒感染引起，细菌性原因：如细菌性痢疾感染，包括伤寒、沙门菌感染等。过敏性因素：如对奶粉蛋白质过敏，会表现为腹泻，伴有湿疹的情况。如给予止泻处理，腹泻症状改善不明显，需进行过敏检测。
婴儿腹泻推拿的方法是按揉宝宝的足三里，以膝盖髌骨下方的凸起处为起点，向下四指宽胫骨外侧，用大拇指的指肚按揉这一点100-200下。也可以把手掌摊开，放在宝宝的腹部，逆时针轻揉50下左右，但一定要逆时针揉腹，顺时针揉腹则是调理便秘的。还可以让宝宝平躺在床上，用一手的食指、中指、无名指并拢，用三指指腹在宝宝腹部绕圈按摩。以腕关节连同前臂作顺时针或逆时针方向环形移动摩擦，每次3-5分钟。
反复腹泻不一定是肠癌。肠癌临床表现为拉肚子，也就是腹泻，血便，腹痛等，需要病理检查进一步明确诊断。而别的很多疾病也可以引起拉肚子，比如功能性胃肠病，结肠息肉，肠结核，肠易激综合征，小肠吸收不良，严重性肠病，溃疡性结肠炎等。可以通过相应的病史检查来进行鉴别诊断。另外饮食也可以引起腹泻。所以经常腹泻，可以完善检查明确诊断。
大便常规正常，宝宝肠功能紊乱会腹泻、病毒性肠炎也会腹泻，但病毒性肠炎一般一周会好转，因此宝宝肠功能紊乱可能性大。饮食要注意。母乳喂养时喂予前半部分奶，后半部分奶挤掉。并且奶胀了再喂。不够可喂予腹泻奶粉或米汤或稀粥，米汤要新鲜米煮的粥汤，应该会好转。
