吃完肠虫清后并没有什么反应，大多数服用肠虫清后几小时会有驱虫效果，也有少数可能在一周左右才会有驱虫效果出现。一少部分服药以后会出现轻度头晕，头痛，恶心，腹泻，乏力，口干等症状，这是药物的不良反应。
肠虫清口服，2岁以上儿童及成人2片，2岁以上儿童单纯蛲虫、单纯轻度蛔虫感染每次1片。仅服一次。药片需用水送服。有些人，特别是小儿，药片完整吞服可能有困难，可以将药片压碎或嚼碎，并用少量水服用。
服药后有少数病人有轻度的头痛，头昏，恶心，呕吐，腹泻，口干，乏力等不良反应，不过这些是正常的不良反应，不用担心，停药后自然恢复，急性病，蛋白尿，化脓性或弥漫性皮炎，癫痫以及孕妇不应服用，有严重肝，肾疾病者，心脏功能不全以及活动性溃疡病人应该谨慎服用，或者在医师的知道下服用，少数病人服药后可能在3~10天开始出现驱虫效果。
孩子本身有严重的肝、肾功能不全，是不能够口服肠虫清的。还有些孩子口服肠虫清后，容易出现以下的不良反应，包括轻度的头痛、恶心、呕吐、腹泻等，不用特别处理，多数情况下是自行消失的，不用过于担心。
肠虫清可以在晚上睡觉前吃。肠虫清是一种常见的驱虫药物，对于蛔虫、钩虫、蛲虫等肠道易生虫都具有驱除效果，并且药物产生的副作用相对比较少，因此适宜人群比较广泛。在服用肠虫清时应尽量选择在晚上服用，晚上服用肠道中的寄生虫会处于相对安定的状态下，因此在药物发挥作用时寄生虫的反应相对比较轻，不会引起消化系统不适症状，可以更好的发挥药效。在服用药物之后的一段时间最好是进行大便常规检查，以了解肠道寄生虫的消灭状况，对于寄生虫没有完全杀灭的患者，可以在过一段时间后再次服用药物进行治疗。建议到胃肠科检查，在医生的指导下服用药物治疗。日常注意多喝水，避免吃生冷，刺激性食物，多喝牛奶，适当的活动，改善体质。
孩子吃肠虫清后，一般48小时起效。肠虫清是一种新型的除虫药，主要是阻断寄生虫体内线粒体氧化酶活性，使之不能进行有氧代谢而产生能量，寄生虫能量耗竭后死亡，吃肠虫清之后，有些时候可能见不到成虫从大便排出，这是正常的现象。
