肛周脓肿，在各大城市三甲医院都可以治疗，如果已经出现肛周的脓肿，一般的治疗方法就是手术治疗，局麻下给予手术切开引流脓肿，将脓肿里的脓液排出，减轻肛周的疼痛、肿胀感。对脓肿内给予消毒，用碘伏、双氧水冲洗，之后放入药条，每天进行常规的换药，使脓肿能够逐渐的减小。根据肛周脓肿的病因，再进行下一步的治疗，多数都是肛瘘引起的，可能需要再次切除肛瘘。
肛周脓肿能完全康复。肛周脓肿的处理原则是切除病变的肛隐窝，尽可能探寻内口所在。切开引流彻底清创暗腔，所有症状可随切开引流而消失。术中选择1点、11点切口，此部位脓肿多见于皮下和括约肌间隙脓肿。脓腔清创引流，脓肿暗腔清除与切除肛隐窝、选择切口有着同等意义，这是过程中的一个非常重要的环节，不容忽视。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿是由复杂的原因引起的，直肠周围的钢管或软组织以及周围空间的细菌感染。还应该注意个人卫生。目前，注意个人卫生，少吃刺激性食物。还要养成一个良好的排便习惯。
肛周脓肿术后就可能并发肛瘘，大多数与肛周脓肿术后不积极配合换药治疗有关。肛周脓肿切开引流或者自行破溃流脓症状减轻慢性化后就是肛瘘。肛瘘急性发作就是肛周脓肿。单纯性肛瘘术前、后以口服其它辅助药物为主。
进行了肛周脓肿的手术，将脓肿切开引流后，去除坏死的组织及感染化脓的组织，会造成肛周大面积的创伤，要经过炎症水肿期，肉芽生长期，皮缘生长期三个阶段，大约要4-6周的时间。
