肛瘘手术后愈合时间可能需要1个月、2个月甚至更长。所以肛瘘手术后的愈合周期，要视感染范围、创面大小、深浅而定。恢复过程中要重视术后伤口的护理，耐心接受伤口的护理、换药等后续治疗。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
注意饮食卫生，忌食辛辣刺激性食物，如酒，葱，大蒜，辣椒等；清淡饮食，宜多食清淡易于消化的食物以及新鲜水果和新鲜蔬菜；多食含纤维素丰富的食物，如青菜，竹笋等；少食鱼，虾，蟹等发物及油煎熏烤的食物；如大便干结可在医生指导下口服通便的药物。
肛瘘手术后不久(一般是术后1~3个月内)发生假性愈合的情况是指瘘外口和瘘管表面的皮肤看上去已经愈合了，但里面的瘘管并没有愈合而且还和瘘内口相通联，这就还会在瘘管内形成脓肿，最终导致肛瘘复发。
肛瘘换药主要是指肛瘘手术后进行换药治疗，避免创面出现感染发炎或者假性愈合。由于肛瘘手术主要是清除内口以及瘘管，所以术后创面相对会比较大，创面的分泌物也会比较多。所以肛瘘换药，在排便后选择肛门洗剂或进行药物坐浴。然后选择纱条局部外敷，可以起到去腐生肌、消炎止血的作用。
肛瘘手术的话，要尽快愈合可以配合中药。平时的话一定要注意清洁预防便秘的情况，然后定期复查，尽量不要吃辛辣刺激的食物。适量活动，休息为宜，清淡饮食，做好血常规和局部的消炎抗菌治疗，注意伤口的清洁卫生。
