先天性甲状腺功能低下症大多数是由于孕妇缺碘而导致的新生儿疾病，同时也是造成小儿智力严重受损的主要原因之一。对先天性甲低的治疗原则是早发现早治疗，如果发现了小儿的多睡少动、体温低、食量较少、以及黏液性水肿等特殊面容的出现，要在第一时间进行甲状腺功能的检查，采用甲状腺激素代替补充法，预后是非常好的。
小儿先天性甲状腺功能低下，这个应该及早采血做化验t3，t4和tsh。一旦确诊有甲低，应该早诊断，早治疗。新生儿疾病筛查诊断的先天性甲低治疗剂量应该一次足量。目前临床上治疗先天性甲低的办法还是有的。所以要马上接受治疗，不然可能会影响到孩子的以后发展。
甲状腺功能低下，一般的是指甲状腺功能减退。主要是由于甲状腺功能异常，甲状腺实质性病变，下丘脑功能异常等造成的，也与生活压力过大，饮食不规律，没有良好的作息习惯，缺乏锻炼，饮食中含碘量过少等因素有关。
甲状腺功能低下，又称甲状腺功能减退症，是因甲状腺分泌甲状腺激素不足，引起的低代谢临床综合征。甲状腺功能减退的最常见原因是原发性甲减和中枢性甲减，大多数新生儿甲减是原发性甲减。
甲状腺功能减退如不及时治疗，可导致儿童身体智力发育迟缓，甚至发展为呆小症。对于新生儿甲减的患者，治疗越早，康复的概率越高，远期预后也越好。治疗越晚，恢复的概率越低，长期预后也越差。新生儿甲减必须早期诊断、早期治疗、终生服药，甲状腺激素从少量开始，定期随访，尽快恢复甲状腺功能。
婴幼儿甲状腺功能低下可以通过以下方法治疗:
1.甲状腺功能低下表明儿童有先天性甲状腺功能低下症。患儿确诊后3周内应给予甲状腺激素替代治疗，促进甲状腺功能正常化，维持血清游离T4在正常值上限水平，维持婴儿身体和智力正常发育，避免白痴病的发生。
2.治疗期间，父母应定期带孩子去医院复查甲状腺激素浓度，并及时根据体内甲状腺激素的变化，调整用药方案。
3.在平时的生活中，父母需要好好照顾孩子。孩子每天进食1小时左右后，可以顺时针按摩腹部，促进肠蠕动，帮助食物消化和吸收，预防便秘的发生。
刚刚出生的新生儿，如果出现了甲状腺功能低下，应该给予极大的治疗，需要口服甲状腺素片，根据甲状腺功能的检查结果调整甲状腺素片的用量，早期给孩子使用药物进行治疗，可以将甲状腺功能恢复到正常范围，对孩子的生长发育影响是比较小的。
