肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘又称肛门直肠瘘，主要症状包括局部的流脓，往往在肛周特定部位会反复流脓及出现局部肿胀，还可自行触摸到有很明显的条索感，常伴有排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
肛周脓肿术后形成肛瘘的症状有瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。肛瘘最大的不良恶果是癌变，口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能完全治好肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能完全治好肛瘘。
