分不同的情况来决定治疗所需时间。较小而无症状的囊肿，一般只要不继发感染等，可不必治疗，只是定期复检动态观察其变化即可。较大的囊肿或有症状的小囊肿，可用手术治疗。
治疗前列腺囊肿一般要一年的时间。前列腺脓肿多发生在成年人，有糖尿病者更易发生，多继发于急性前列腺炎。当急性前列腺炎经治疗后，体温持续升高，症状加重，血中白细胞数及中性粒细胞增高，应怀疑有前列腺脓肿的可能。男性患上前列腺囊肿是会严重影响男性生育的。为了避免前列腺囊肿带给男性不育大麻烦，因此，男性若不幸患上前列腺囊肿应及早就医。
前列腺囊肿不影响任何事情不需要治疗。前列腺囊肿就是前列腺腺管局部增生导致不会导致任何疾病如果囊肿越来越大影响排尿可以做囊肿切开但极少有囊肿导致排尿困难所以对前列腺囊肿就是定期观察不用治疗的。
临床上把前列腺囊肿分为先天性的前列腺囊肿跟后天性的前列腺囊肿。一般先天性的前列腺囊肿是难以治疗的，后天性的前列腺囊肿是由于前列腺的腺泡部位发生了病变，最终形成囊肿，此种是可以治疗的。
前列腺囊肿通过跑步不可以自愈。囊肿形成的原因有，胚胎期时前列腺腺体发育受阻，中肾导管与中肾旁管发育异常，坚韧的前列腺基质导致腺泡不完全或间断性梗阻，使腺泡上皮变厚，引起潴留性囊肿。炎症性囊肿前列腺慢性炎症引起结缔组织增生，导致前列腺导管狭窄、分泌物潴留形成囊肿。寄生虫性囊肿寄生虫引起前列腺管及周围发生慢性炎症；或由肉芽增生，逐渐形成囊肿。具体需要根据原因和囊肿的大小进行治疗。
