肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。
肾囊肿的病因目前还不能完全确定，单纯性的肾囊肿，一般是肾小管憩室逐渐发展而来的，并且随着年龄的增长，患单纯性肾囊肿的风险会逐渐增加。左肾囊肿的最大的危害就是发展成恶性囊肿，进而发展为尿毒症。无痛而良性的肾囊肿不需要治疗，但如果囊肿变大、压迫肾脏正常组织，造成肾功能下降，或者如果发现囊肿是恶性的，出现疼痛，往往需要及时治疗。
肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
肾部囊肿是在肾脏部位形成的，不与外界相连通的囊性病变。有多种，单纯性囊肿，多囊肾，肾盂囊肿。肾囊肿形成原因有很多，有的人是先天就有肾囊肿，有的则是后天形成的，后天的基因突变，后天的细菌感染都有可能形成肾囊肿。
肾囊肿大多数是先天性的，也就是说胎里带来的。只是在体检中偶然发现，一般无临床症状。定期复查是比较好的治疗方法。如果囊肿进一步扩大，导致肾功能下降，应积极手术治疗。
肾囊肿形成的主要原因是由于泌尿小管上皮出现梗阻，导致原尿在形成的过程当中逐渐潴留而形成肾囊肿。是由于先天性的因素而出现的，不会由于某些病理性因素决定肾囊肿的出现。
