不会影响的。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症囊肿。每个月，随着月经来潮出血，子宫内膜出血，在卵巢内部形成巧克力液体，每个月随着月经来潮增大，为了防止破裂必须手术剥离囊肿穿刺。但是手术也不能治疗好。只要月经正常，卵巢功能正常，就会复发。
巧克力囊肿手术后不会影响受孕的。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。引起不孕的原因复杂，如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢和生理功能。
巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种临床表现。因为妊娠可使子宫内膜停止生长，所以巧克力囊肿术后应尽早妊娠可以提高受孕几率。如为腹腔镜手术，可B超监测卵巢卵泡，卵泡大小一厘米左右即可备孕。如为经腹手术，术后一月即可备孕。
巧克力囊肿需要大约半个月的时间来恢复怀孕前的身体，并且疾病会在怀孕后恢复正常。手术后准备的妊娠越早，妊娠的可能性就越高。经过一段时间后，疾病复发了。此外，这种疾病的复发率很高。随着时间的推移，怀孕的能力会逐渐下降，手术后是最容易的时期。
巧克力囊肿主要是平时痛经和月经量增多的情况引起的，也是会影响怀孕的，囊肿比较大的，也是需要手术来治疗的。如果打算要孩子可以安排在排卵期同房，可以增加怀孕的几率。
腹腔镜巧克力囊肿手术后要怀孕，至少应该半年以上。因为手术后身体需要恢复，需要一定的时间调整。巧克力囊肿手术后，月经可能出现异常，也需要调整。手术后要做好避孕措施，避免发生怀孕，在怀孕前要做一个身体检查，看手术后的恢复情况。
