六神丸有一种毒副作用，即引起过敏反应。这与用量无关，而且不论内服、外用均会发生。大都在24小时内，表现为药疹，瘙痒难忍。也有的出现喉头水肿，表现为咽部充血、会厌肿胀、吞咽困难、咽喉梗塞、呼吸不畅等。个别严重者会出现过敏性休克，表现为胸闷、心悸、呼吸急促、面色苍白、头晕昏睡、四肢湿冷等，需立即抢救。
这种药物服用过量的副作用可发生哮喘、眩晕、耳鸣、出汗、皮肤粘膜红斑、水疱、烧灼感、疼痛，还有的表现为溶血性贫血、血小板减少、点状出血、紫斑、血红蛋白尿等。如果出现腹痛，反复的腹泻应立即停止给药，并采取适当的处置措施。
肾功能不全可以服用。其具有清凉解毒，消炎止痛的作用，可用来治疗咽喉肿痛，声带息肉，口舌糜烂，牙痛等疾病。而且还具有很强的抗病毒，抗炎镇痛作用，可以增强免疫力，也可以用来增强心肌收缩力，还具有抗肿瘤作用。
备孕期的女性或者已经怀孕的孕妈妈补充叶酸，但是补充叶酸要科学，不要盲目的去补充。按照WHO指南的指导，无不良妊娠史的女性每天补充400mg的叶酸，如果有不良妊娠史则每日补充800mg的叶酸。叶酸补充过量也会引起一些不良，如干扰微量元素锌的代谢、造成维生素缺乏的症状。在医生的指导下适量的进行补充。
最常见的不良反应包括：头痛、贫血、食欲降低、失眠、咳嗽、恶心、腹泻、脱发、瘙痒、肌痛、发热、疲劳、类流感症状、无力、寒战以及周边水肿，最严重的不良反应为肝毒性及血栓/血栓栓塞事件。
