通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
通常情况下，先天性胎儿有心室间隔缺损，一般会在一年之内自动关闭。具体内容如下：
但是如不能自己封闭，或是单纯的二孔导致先天性心脏缺损，应做外科治疗，4~5岁是最好的选择。尽早进行外科治疗，可以避免肺部的循环阻力增高，避免右心功能衰竭。此外，宝宝还需要进行一次心脏的超声检测。如果没有明显的扩大，或者低于6mm，可以不做手术。患儿要饮食清淡，多食新鲜蔬菜、水果，补充维生素，提高身体免疫力。营造舒适、安静的休息环境，定期通风，保持室内空气新鲜，避免上呼吸道感染。
先天性脊柱畸形可以通过坐姿、佩戴矫形支具、外科矫形改善，建议患者积极治疗，具体分析如下：
先天性脊柱畸形有两种类型，一种是姿势性的，另一种是结构性的。坐姿、佩戴矫形支具、定期复查可以改善姿势性先天性脊柱畸形，如果在这个过程中畸形加重或矫形不满意，可以进行外科矫形。结构性先天性脊柱畸形指的是先天性椎体发育不良，比如楔形椎、半椎体，或者是未知的脊柱畸形，不能用支架来矫正，需通过手术治疗。
一般来说，先天性脑脊膜膨出可通过药物治疗、手术治疗、日常调理的方式进行处理，具体分析如下：
先天性脑脊膜膨出患者，建议在医生的指导下服用缩泉胶囊等药物来缓解症状；还可以通过手术的方式进行治疗。注意病情好转后家长也不能放松警惕，要注意早晨起床后，及时打开窗户，呼吸室外新鲜空气，同时保持室内空气流通；还要让患儿多休息，有利于身体恢复。
先天性成骨不全症可以通过非手术治疗和手术治疗方法。
患者可以口服氟化物、维生素D、降钙素、性激素等药物进行治疗，同时还应注意对合并有骨折的病人进行固定。全膝关节置换术、髓内针固定术、截骨术等均可采用外科技术，并在术中采用石膏固定，直到完全恢复。目前，使用交锁式髓内针固定装置能较好地矫正骨折，且术后较难出现骨折不愈合。
通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
