沙眼衣原体感染主要通过药物进行治疗。
衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，可感染眼、鼻咽部、子宫颈、尿道黏膜等部位。感染后常见病包括沙眼、结膜炎、泌尿生殖道感染等，衣原体对阿奇霉素、多西环素、四环素或红霉素比较敏感。但是用药剂量需要根据患者具体情况而定，并遵医嘱服用药物。
新生儿结膜炎症状如下：
一、混合充血，当炎症逐渐蔓延到眼睑、巩膜、筋膜等处时，会有结膜充血、睫状充血，称为混合出血。二、结膜下充血，是因为结膜下的血管爆裂，导致血压在结膜下形成。通常会有鲜红的斑点或片状，但如果出血量过大，就不会是正常的鲜红，而是会有一些暗红色，并且会有一些凸起。
眼睛的疾病要注意儿童的用眼卫生，预防患有结膜炎，要及时到医院进行全面治疗。
如果孕妇在孕期被沙原衣原体传染，那么会造成胎儿的流产，甚至是畸形，患者可以通过药物治疗、生活护理来改善。
怀孕时出现的沙眼衣原体感染，需要做药敏试验，选择敏感的药物。若无法进行药物敏感试验，则应采用阿奇霉素进行临床试验，以解决衣原体感染。至于像是红霉素和左氧氟沙星这样的药物，一般都不能在怀孕的时候服用，否则会导致孩子出现畸形。
沙眼衣原体抗原检测阳性，需要口服抗生素治疗，应该保证足疗程，抗生素药物在治疗生殖器衣原体感染的治疗率可以达到90%以上。衣原体还没有出现在抗生素耐药性，所以病人在治疗时不必担心耐药的问题，多参加体育锻炼，提高自身免疫力，注意在患病期间不要同房以免交叉感染。
沙眼衣原体的临床表现主要有两种：一是局部给药，二是系统给药。
可以选择的还有司帕沙星、罗红霉素、克拉霉素、氧氟沙星、左氧氟沙星、四环素等。需要根据病情、药物敏感试验来选用药物。病人和他们的性伙伴应该在他们的治疗结束以前避免性行为，以免交叉感染。
