肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
在早期肛瘘常见的症状就是流脓，一定要抓紧时间去医院进行就诊，明确诊断之后，积极进行治疗，否则很容易使病情进一步扩展，增加治疗难度，除此之外在日常生活中，一定要注意饮食，禁忌生冷刺激辛辣食物，注意好个人卫生习惯。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
宝肛瘘的主要症状是局部流脓，湿痒及疼痛。初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。注意饮食，少食辛热煎炸等刺激性食品及过量饮酒。一旦发生肛周脓肿，一定要及时进行手术治疗；养成定时排便的好习惯，防止大便干结，损伤肛管皮肤，造成感染。
瘘比较典型的症状是肛缘肿物，反复破溃流脓，也有一些肛瘘的症状不典型，比如可触及肛缘有硬结或者条索，没有其他的症状，说明肛瘘处于缓解期，如果肛瘘反复破溃流脓，经常发生感染，肛瘘就处于急性期，可以手术治疗而缓解期的肛瘘属于择期手术不急需处理，但是肛瘘是不会自愈的，必须手术切除才能痊愈。
