通常手术是尿道下裂的首选方法，
尿道下裂患者通常建议在18个月左右开始手术治疗，对于阴茎发育不良的患者，外科手术之外还可以使用药物进行辅助治疗，比如用绒毛膜促性腺激素等。如果伴有阴茎发育短小、阴囊分裂、阴茎弯曲等症状，可以通过阴茎增粗、阴茎延长、阴囊分裂纠正、阴茎矫直等方式进行治疗。
此外，患者应该注意局部的清洁卫生，有助于促进术后恢复。
男孩尿道下裂表明其性别染色体正常，合并尿道下裂要手术治疗。
治疗尿道下裂的手术有两百多种，但没有一种方式可以完全避免术后并发症。随着水平提高，一期手术成功率高。尿道下裂是尿道畸形，尿道开口不在龟头正中，可能位于龟头至阴茎根部的任何部位，也有会阴型的。缺损长的手术难度较大，愈合与恢复难度较大。常见的术后并发症有尿道瘘、尿道憩室、尿道狭窄等。任何并发症都提示远端有狭窄梗阻，或其他因素。尿道瘘主要是皮瓣愈合和远端狭窄导致的。
男孩尿道下裂，是尿道外口不在正常的龟头前下方，可出现在正常尿道口附近至会阴部、阴囊的任何部位；会有阴茎下弯。茎的尿道海绵体发育不良，阴茎就向腹侧弯曲，不能正常排尿，成年后不能正常性生活。
尿道下裂长主要的治疗方法是手术治疗，手术是在患儿学龄前完成。根据不同类型的尿道下裂，手术方法也不相同，手术方法主要包括阴茎伸直术和尿道成形术。如果尿道下裂比较严重，往往需要分两次手术进行治疗。
婴儿尿道下裂可以治好。
一、冠状沟型尿道口下裂，患者有这种畸形，尿道外口在冠状沟腹侧，即阴茎头后凹陷腹侧。
二，阴茎体型尿道口下裂，这种畸形症状复杂，尿道外口可能在阴茎体腹侧的任何部位，阴茎向腹侧弯曲畸形。
矫正尿道口下裂的手术建议3岁前做，3岁前孩子不懂事，此时手术对孩子心理没有影响。若孩子有隐睾要及早手术，治疗不及时会影响睾丸发育，若在幼儿园时期才手术，孩子心理上可能会有伤害。
