通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
先天性的扁平足需要采取保守疗法，有必要时需进行手术。
先天性的扁平如无特殊症状，只是走路距离较远，有部分疼痛的症状，可采取保守治疗，平时要多注意多休息，尽量不要过于劳累。可以进行屈曲的足指功能训练，在步行过程中，可以利用脚尖进行步行。可以通过矫形鞋和整形鞋底来进行正确的矫正。如果不能有效地进行保守疗法，可以考虑做外科手术。
先天双侧隐睾可以使用以下办法治疗，具体分析如下：
激素治疗的时间是在6-10个月以内，由于孩子在6个月内，睾丸会自动下降到阴囊中，如果6个月以后不会出现下降，就需要进行药物干预。每天1次肌肉注射人绒毛膜促性腺激素或者使用催孕激素鼻腔喷雾。如果激素治疗后睾丸没有降到阴囊，最好是在1-2岁的时候进行手术，可以采用双侧睾丸下降固定术。
通常情况下，先天性胎儿有心室间隔缺损，一般会在一年之内自动关闭。具体内容如下：
但是如不能自己封闭，或是单纯的二孔导致先天性心脏缺损，应做外科治疗，4~5岁是最好的选择。尽早进行外科治疗，可以避免肺部的循环阻力增高，避免右心功能衰竭。此外，宝宝还需要进行一次心脏的超声检测。如果没有明显的扩大，或者低于6mm，可以不做手术。患儿要饮食清淡，多食新鲜蔬菜、水果，补充维生素，提高身体免疫力。营造舒适、安静的休息环境，定期通风，保持室内空气新鲜，避免上呼吸道感染。
先天性癫痫一般都是使用药物控制症状的发作的，到医院进行脑电图的检查，根据体质和病情状况来合理的服药，在使用药物治疗的期间，也应当注意带孩子及时进行复查，了解血药浓度状况，尽量避免过量服用药物给孩子带来的伤害。
