脑积水萎缩应及时科学治疗。如果治疗不及时，会对身体造成很大的伤害。目前，可以用中医来治疗。在治疗期间，中医和中草药结合针灸、推拿、外反搏、经络调平、超声理疗、运动康复、语言训练、职业治疗等“三位一体”综合治疗。需要选择条件，选择优化方案。
脑积水的治疗要做一些检查看看病情是否比较严重，如果病情不太严重，就可以采取保守的治疗方法，用一些药物，如果病情严重，就可以采取手术治疗，可以进行抽积液，减轻颅内分压。
胎儿脑积水的治疗方法，主要是根据胎儿积水量进行判断。
侧脑室的宽度在10mm以下，一般不需要进行手术，只要定时检查即可，否则会自动消失。侧脑室的宽度大于10mm，但不大于15mm，要进行DNA检测，也可以进行羊膜穿刺。
如果有大量的积水者，比如出现了侧脑室扩大的情况，就需要进行侧脑室的腹腔分流。如有颅内硬膜下积液，建议行硬膜下腹腔分流术。
对于轻微的脑积水，随着出血的逐渐吸收，脑积水症状逐渐减轻。对于那些严重的脑积水，会短期内出现颅内高压症状，这个时候应该积极干预治疗，急性期可以考虑进行手术，短期内可以改善患者的症状。
婴儿脑积水的治疗要根据脑积水的类型确定。婴儿脑积水可以分为交通性，脑积水，梗阻性脑积水和外部性脑积水。交通性脑积水要采取分流手术的方法。梗阻性脑积水可以采取侧脑室腹腔分流手术，也可以采取第三脑室底造瘘手术。外部性脑积水只能够采取侧脑室腹腔分流手术。
脑积水别人在手术之后很容易会出现分流系统堵塞的后遗症，这种后遗症的发生一般是比较多见的，有大多数脑积水病人在手术之后都会有这种后遗症发生。脑积水病人在手术之后还有可能会出现感染的后遗症，这种后遗症的发病率是比较低的，主要是由于病人在手术之后没有做好护理而导致发病的，而病人一旦有感染的后遗症发生，主要就是会出现脑室炎和腹膜炎这两种后遗症发生。
