治疗巧克力囊肿如果采用药物治疗效果不好，如果是有生育要求的病人，一般采取腹腔镜手术治疗，在腹腔镜手术的时候需要保留卵巢的功能，并不能完全切除。对于生育没有要求的女性，采取腹腔镜手术室进行治疗，巧克力囊肿完全的摘除而不是剥离。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致的。子宫内膜异位容易导致不孕不育。主要的症状就是下腹疼痛进行性加重的痛经，不孕性交有不舒服的感觉。如果症状轻，移位的子宫内膜坏死萎缩，分娩后症状缓解也有可能治好。如果巧克力囊肿过大，应该手术治疗。
腹腔镜手术是本病的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
