病毒性脑炎的诊断主要通过病毒学和免疫学的检查而确定，但是目前病毒类型尚难通过敏感及特异的分子生物学检测方法而确定，故其早期诊断主要依赖临床表现，脑电图检查，脑脊液常规生化检查及头颅CT/MRI检查。
CT、MRI检查。病变早期CT或颅脑MRI检查可正常。有神经系统并发症时可见脑室扩大、脑沟变窄、脑肿胀、脑移位等异常表现。并可发现室管膜炎、硬膜下积液及局限性脑脓肿。增强MRI扫描对诊断脑膜炎比增强CT扫描敏感增强。
实验室检查。血象检查：急性期周围血象白细胞计数明显增高，以中性粒细胞为主可出现不成熟细胞。脑脊液：压力增高，外观浑浊、脓样，白细胞计数在1000-10000/mm，少数病例更高，以中性粒细胞为主，可占白细胞总数的90%以上。
脑膜炎检查可以做腰椎穿刺，脑脊液的检查，做头颅磁共振，有些严重的或者是不典型的可以做磁共振增强的一些扫描检查，可以发现病灶。脑膜炎一般有发热，认知功能障碍，也就是说出现痴呆，有这些症状要及时做检查。
新生儿脑膜炎的早期表现：不吃奶、吸奶没有力气、呕吐、多睡、不停地吵闹，当换尿布提起双下肢时会毫无征兆尖叫、惊哭、双眼发直、挤眼、歪嘴、吐沫，面部肌肉不对称抽动，某一侧肢体毫无征兆抽动或活动差，发热，前囟门膨出。带宝宝去当地公立医院检查治疗。注意多给宝宝喝水，注意保暖。
小儿脑膜炎应该做以下检查。
脊液检查─化学检查─蛋白质检查，脑嵴液病原体检查（CSF），脑脊液细菌培养等，脑脊液的一般性状检查，聚合酶链反应技术、血常规、胸部平片、胸部MRI等。在临床上常见到脑嵴髓膜炎症和颅内感染等症状相似者，容易混淆，造成误诊。确诊脑炎，用特异性抗体检验或者病毒分离，可以进一步阐明病原。
