自闭症的中医治疗方法主要分为内治法和外治法，内治法主要包括中药组方配伍制成汤剂、散剂、丸剂、膏剂等，按照一定的服用方法进行内服，从而达到治病、保健的作用；外治法内容丰富。
自闭症的儿童最佳的治疗方法是训练干预方法。教育和训练对自闭真儿童是最有效、最主要的治疗方法。能促进语言发育，提高社会交往能力，掌握基本生活技能和学习技能。目前药物治疗尚无法改变孤独症的病程，仅仅可以改善患者的一些情绪和行为症状，如情绪不稳、注意缺陷和多动、冲动行为、攻击行为、自伤和自杀行为。
轻微自闭症目前主要的治疗方法有：心理行为疗法，包括侧重点不同的各种行为学疗法、图片交换交流系统、地板时光、人际关系发展干预，以及丹佛早期模式等；药物治疗，部分精神药物可以改善自闭症的部分症状；传统中医治疗，通过推拿、针灸、中药等传统医学方法来治疗自闭症；其他非药物治疗方法，包括饮食治疗、音乐治疗、生物治疗、马术治疗。
治疗自闭症有很多方法，但当涉及病人时，孩子或她需要自己的情况并制定相应的治疗政策。最有效的方法是首先找出自闭症的诱发因素。每个自闭症这些因素可能不同，因此治疗需要有针对性。
对自闭症要采用综合性的治疗方法。治疗上最重要的是教育和行为治疗，目的是促进对病人正常行为的教育，特别是社会性行为的矫正，纠正异常行为，消除睡眠障碍、发脾气、多动等继发性症状等。药物治疗仅对个别症状可能有效，且要在医师的指导下服用。如短期严重失眠，可用安定；有攻击行为，可用奋乃静患自闭症的，一般病程都比较长，所以用药治疗的时间也相对长一些。
儿童自闭症治疗方法主要是通过一些药物来进行控制。还需要配合介入教育方面的治疗，以及营造一个温馨的家庭环境。要养成良好的生活习惯，多和孩子沟通聊天，多带孩子参加户外活动，也能起到一定的治疗作用。
